Otvoreni su 1926. godine. Dvije godine kasnije bio je izgrađen i morski akvarij, prvi takav u ovom dijelu Europe, a koji je kasnije preuređen u terarij. Zgrada Prirodoslovnog muzeja preuređena je iz restorana za potrebe muzeja prema nacrtima inženjera Senjano-vića. Prvi ravnatelj i kustos bio je profesor Umberto Girometta. Zbog urušavanja dijela zgrade, muzej je premješten na drugo mjesto, a na Marjanu je ostao samo zoološki vrt. Odlukom GV-a Grada Splita iz 2014. godine, izgled zoološkog vrta se mijenja smještanjem autohtonih domaćih životinja, a s ciljem stvaranja prostora edukativnog karaktera.