U biljnogeografskom pogledu Marjan pripada mediteranskoj regiji litoralnog vegetacijskog pojasa te eumediteranskoj zoni vazdazelenih šuma u kojima temeljnu šumsku vegetaciju čine šume hrasta crnike Quercus ilex L., a u okviru njih dolazi zajednica mješovitih šuma i makije hrasta crnike i crnog jasena Fraxino orni-Quercetum ilicis H-ic. (1956.) 1958. Šume crnike na Marjanu pretežito se nalaze u svom degradacijskom stadiju makije, gariga i kamenjara. S druge strane, hortikulturna sadnja i monokultura alepskog bora spriječili su razvoj šume hrasta crnike.
Velika raznolikost Marjana vidljiva je i kroz određene endemične, strogo zaštićene biljke, uz iznimku malih poljoprivrednih površina na južnoj strani gdje se uzgajalo povrće, vinova loza, maslina i druge voćke.
Flora Marjana je vrlo bogata što se pripisuje povoljnoj mediteranskoj klimi i raznolikim tipovima staništa – od kamenjarskih suhih travnjaka, gariga, makije, šume, pukotine stijena, kamenite morske obale do ruderalnih i poljoprivrednih staništa. Floru Marjana je istraživalo više botaničara: Petter (1832.), Hirc (1910.), Girometta (1922.), Matković (1959.), Ruščić (2002. – 2015.).
Tijekom vremena, utjecaj čovjeka odražavao se na izgled i degradaciju flore Marjana. Nekontrolirana sječa stabala i veliki požar u potpunosti su pretvorili Marjan u goli krš.
Uslijedilo je pošumljavanje alohtonom vrstom – alepskim borom Pinus halepensis, koji je gotovo monokultura na sjevernoj strani Marjana. Utvrđeno je obnavljanje autohtone makije između visokih stabala bora.
Utjecaj čovjeka se odražavao na autohtonu floru Marjana u smislu naseljavanja alohtonih invazivnih vrsta od kojih je najzastupljeniji pajasen Ailanthus altissima (Mill.).
