Promjene u staništima kroz vrijeme rezultirale su i promjenama u fauni Marjana. Tako su u prošlosti nestale vrste kojima je bilo potrebno veliko i neprekinuto stanište. Međutim, nastajanje novih staništa, kao što su travnjaci ili bušici, stvorili su pogodne uvjete za vrste koje inače ne bi mogle biti prisutne u gustom šumskom sklopu, npr. gmazovi.
Fauna Marjana je izolirana od ostalih prirodnih područja što može dovesti do akumuliranja genetskih anomalija, čime se smanjuje sposobnost prilagodbe na nepovoljne uvjete u okolišu. Iako je Marjan relativno malen biološki kompleks, na njemu je prisutan cijeli niz različitih staništa. Tako su na Marjanu prisutni brojni beskralješnjaci, među njima osobito kukci, dok kamenjarska staništa i mozaici travnjaka i grmlja predstavljaju pogodna staništa za različite gmazove. U šumskom sklopu prisutne su i brojne ptičje vrste, dok su na različitim staništima, od bušika do travnjaka, prisutne razne vrste šišmiša. Sisavci su zastupljeni malim brojem vrsta, i to dominantno sitnijima. Međutim, marjanska fauna zahtijeva podrobnije proučavanje i identifikaciju vrsta.