Benediktinska crkva i samostan sv. Stjepana su bili urušeni, pa je na mjestu prvotne crkve rektor Nadbiskupskog sjemeništa Nikola Didoš 1814. dao izgraditi, tj. obnoviti današnju crkvu. U nju je postavljeno šest antičkih stupova koji su vjerojatno preneseni iz Dioklecijanove palače. Oltar svete Ane dala je podignuti obitelj de Caris za crkvu sv. Marije de Taurello, a 1819. prenesen je u crkvu sv. Stjepana. Na njemu se nalazio poliptih s likom Bogorodice s Djetetom, svecima, prikazom Porođenja i Imago Pietatis. U sredini crkve nalazi se nadgrobna ploča splitskog kanonika Ivana Krstitelja Augubija s obiteljskim grbom iz 1490. godine.